接下来的几天，少年们穿梭在本源记忆迷宫的各个层面：在情绪维度的记忆层，他们帮助灵汐化解了居民对陌生生命的恐惧，让情绪光尘接纳了一个误入的小维度生命；在虚无维度的记忆层，他们协助虚无之主找回了被遗忘的初代共生者协议记忆，让虚无之主明白自己的存在不仅是守护边界，更是共生网络的“存在锚点”；在混沌维度的记忆层，他们和浑沌一起，为一个因混沌能量失控而夭折的新维度注入共生能量，让它重新开始演化。
每修复一段记忆，共生光带就会新增一道本源记忆能量，少年们的能量光带也变得更加明亮。当他们来到迷宫的核心层时，眼前出现了一段属于少年共生队自己的遗憾记忆——那是在修复生命之核时，一个小小的生命孢子因能量波动被遗落在能量荒漠，他们当时忙于战斗，没有察觉。
“这个孢子……”火小炎的火焰能量泛起愧疚的红光，“我当时明明看到它飘走了，却因为要对抗触手，没有去捡回来。”
“现在我们去把它找回来。”风澈的共生能量化作一道光轨，指向记忆中的能量荒漠。少年们跟着光轨回到当时的场景，在能量荒漠的边缘，找到了那个快要熄灭的生命孢子。水小瑶的蓝绿色水音能量化作水膜，包裹住孢子；石小坚的土脉能量提供养分；火小炎的火焰能量提供温暖；紫汐的感知能量轻轻安抚孢子的恐惧。当孢子重新焕发生机，长出细小的绿芽时，这段记忆化作一道彩色的本源记忆能量，与其他能量汇聚在一起。
终于，所有维度的本源记忆能量都已收集完毕。少年们站在遗憾本源晶前，十八道能量光带与本源记忆能量交织，形成一道巨大的彩色光流，注入晶中。本源晶爆发出强烈的光芒，光芒顺着本源织锦的脉络蔓延，裂隙周围的褪色片段重新变得明亮，裂隙开始缓慢愈合。
就在这时，本源层突然传来一阵剧烈的震动。本源裂隙的深处，一道黑色的“本源虚无兽”冲了出来——它是由未被修复的遗憾能量与本源虚无能量融合而成，身体由破碎的记忆片段和黑色虚无构成，张开嘴就要吞噬本源晶。
“不好！是未完全化解的遗憾能量具象化！”元初的光影立刻化作光盾，挡在本源晶前，“它的目标是破坏本源晶，阻止织锦修复！”
“我们来对付它！”风澈的共生能量爆发出前所未有的光芒，十八道光带交织成“终极共生光盾”，将本源晶护在身后。火小炎的金黑色火焰融入混沌能量，化作一道彩虹色火龙，冲向虚无兽；水小瑶的蓝绿色水音能量化作声波炮，震碎虚无兽身上的破碎记忆；石小坚的黄绿色土脉能量化作无数土刺，固定住虚无兽的四肢；镜月的银灰光暗镜像能量复制出虚无兽的形态，形成“镜像牢笼”；时汐的金绿时间能量冻结虚无兽的动作；紫汐的紫金光感知能量化作光链，缠绕住虚无兽的核心；源墨和绿渊的光暗能量形成两极磁场，削弱虚无兽的虚无能量；虚无之主的白色能量与浑沌的彩色能量同时加入，与少年们的能量融合成一道“多元共生光流”。
当光流击中虚无兽的核心时，虚无兽发出一声凄厉的尖叫，身体上的破碎记忆片段开始脱落，露出里面柔和的本源能量。这些能量正是未被完全收集的遗憾记忆，在共生光流的作用下，渐渐转化为明亮的本源记忆能量，融入本源晶中。
随着最后一丝虚无兽的能量被净化，本源裂隙彻底愈合。本源织锦爆发出耀眼的光芒，织锦的面积扩大了一倍，上面新增了无数彩色的记忆片段——有小维度重生的喜悦，有光暗维度和解的场景，有情绪居民接纳陌生生命的温暖，有少年们找回生命孢子的感动。各维度的紊乱能量瞬间恢复稳定，生命维度的沙棘林重新茂盛，起源维度的法则藤蔓结出金色的果实，情绪维度的情绪之心绽放出粉色的光芒。
元初的光影化作一道光带，缠绕在少年们的共生光带上：“谢谢你们……本源织锦不仅修复了，还进化成了‘永恒共生织锦’。从今往后，无论有多少维度加入共生网络，织锦都能承载住能量压力。你们用行动证明了，共生的终极意义不是消除遗憾，而是带着遗憾一起成长，让每一次不完美，都成为下一次更完美的铺垫。”
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