对于执政官，草案赋予其领导内阁、统帅武装力量（在守护者象征性的最高统帅权之下）、处理日常政务、对外缔结条约等实权。
但重大决策，如宣战、媾和、重大财政预算，需经人民治理院批准。
治理院则拥有立法权、预算审议权、对执政官及内阁的质询与监督权。
草案在治理院引发了激烈讨论。
以杨三为代表的军方背景代表，虽然拥护叶柔执政官的领导，但对某些条款表示担忧。
杨三在一次闭门会议上直言：“赋予治理院过多制约执政官的权力，尤其是在军事和预算上，是否会降低效率？”
“战时状态下的决策，容不得半点拖延！”他担心文官政府的过度掣肘会束缚军队的手脚。
而来自新领土的一些代表，特别是原塔国地区的知识分子和地方领袖，则试图争取更多的地方自治权。
他们提出，希望在基本法中明确列出“地方保留权力清单”，包括部分文化教育、地方税收、基层司法等事务的自主管理权。
“我们并非不认同统一的东非共和国，”一位来自瓦萨镇所在地区的长老代表阿卜杜勒诚恳地说：
“但各地情况迥异，一刀切的政策可能水土不服。给予地方一定的灵活性，更能有效治理，也能体现联盟当初承诺的尊重多元文化。”
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