而首级功的弊端还不仅仅如此，首级功在初期的时候极大的提高了明军的战斗力。
但是随着时间的推移，首级功却使得明军的战力开始降低。
首级功的推行，使得朝廷在论功行赏的时候主要依靠首级数量来决定。
没有首级或是斩获稀少，即便是部队在战场上奋勇杀敌、死伤惨重也依然无功，甚至有过。
这这导致明军多支部队汇合作战时，大部分的将领都不会权力作战而是观察情况，赢了抢首级，输了赶快逃跑保存实力。
首级军功制在前期确实提升了明军的战功，但是在后期却是成为了明军战力的衰弱的一大因素。
《练兵实际·卷八·治贪级》之中记载着这样的一段话。
“自来北军临阵，专好争功，杀倒一贼，三、五十人互相争夺，却将败贼亡了追杀。”
“每每致贼以数人为饵，诱你上前都去争功，他却大众一拥杀来，一个首级又不得，不知倒被他杀了多少。
“乘众少却，将营盘冲破，全军没了，迷而不悟。”
戚继光对于“首级”的态度，一向是深恶痛绝。
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